Kun tutkija Tuomas Aivelo palaa Madagaskarin reissultaan, on hänen matkalaukkunsa täynnä sademetsisssä kerättyjä pikkuhiirimakien ulostenäytteitä. Näistä näytteistä hän eristää DNA:ta, tunnistaakseen hiirimakien suolistossa elävät lajit.
Tietolaatikko
Pikkuhiirimaki, Microcebus rufus
Pikkuhiirimakit ovat ainoastaan Madagaskarin sademetsistä tavattavia kädellisiä yöeläimiä. Ne voivat elää luonnossa noin kymmenenvuotiaiksi ja painavat täysikasvuisena 50-100 grammaa.
Sukkulamadot, Nematoda
Sukkulamadot on eliökunnan lajirikkain pääjakso. Ne elävät monenlaisissa ympäristöissä vedessä, maalla ja muiden eliöiden loisina. Useimmiten ne ovat millimetrien kokoisia, mutta osa lajeista voi saavuttaa paljaalla silmällä havaittavan mittakaavan.
Tuomas Aivelo käyttää geeniteknologisia menetelmiä päivittäin. Hän on kiinnostunut pikkuhiirimakien suoliston loisyhteisön muutoksesta isännän elämän aikana. Suolistossa hyvin yleiset sukkulamadot ovat niin pieniä, että niiden tunnistaminen onnistuu vain DNA:n perusteella.
Tutkimus antaa uutta tietoa loisten ja isännän suhteesta, sekä loisten siirtymisestä isännästä toiseen. Tätä tietoa voidaan tulevaisuudessa hyödyntää esimerkiksi lajien suojelussa.
Jotta pikkuhiirimakien suolistossa eläviä sukkulamatoja voidaan tunnistaa, on niiden DNA:ta ensin eristettävä. Eristetystä DNA:sta monistetaan polymeraasiketjureaktiolla (PCR) tiettyä ribosomaalisen DNA:n pätkää. Pätkän eristämisen ja monistamisen onnistuminen varmistetaan ajamalla monistettua näytettä elektroforeesissa.
Mikäli eritys ja monistaminen on onnistunut, lähtee näyte DNA:n sekvensointiin erikoistuneeseen laboratorioon. Sekvensointi merkitsee, että DNA:n emäsjärjestys selvitetään. Emäsjärjestyksen perusteella näytteen lajit voidaan tunnistaa.
Viimeisen kymmenen vuoden aikana DNA:n sekvensointimenetelmät ovat nopeutuneet ja tehostuneet valtavasti. Tulokset Tuomas saa muutamien päivien kuluessa.
Haastateltava: Tuomas Aivelo/ Biotekniikan instituutti
Toimittaja: Jussi Nygren
